Gran parte de la controversia de las semillas desoja se debe a unas sustancias con efectos hormonales llamadas isoflavonas. La soja se considera un producto milagroso por sus propiedades nutricionales, pero también se considera como peligroso. Entre los inconvenientes se destaca como responsable del adelanto de la pubertad y otros problemas relacionados.

Mark Messina, un experto en nutrición que ha trabajado sobre el tema durante 20 años, dice que hay mucha información reciente, y predominan los beneficios. La soja es totalmente segura. La soja se dispone de diferentes maneras, desde hamburguesas, yogurt o leche de soja. Los productos de soja se caracterizan por bajo contenido de grasas saturadas, grandes cantidades de fibra y de proteínas, y numerosos minerales. La preocupación se relaciona con el contenido de isoflavonas y los posibles efectos hormonales similares a los estrógenos. Sin embargo, los efectos de un posible adelanto de la pubertad en niñas no está claramente demostrada.

En la actualidad se están realizando numerosos estudios sobre los efectos de la soja sobre los sofocos de la menopausia, sobre la posible reducción de la frecuencia de cáncer de mama cuando se consume desde la pubertad, y los efectos sobre la osteoporosis. Messina sostiene que los beneficios están mediados por las isoflavonas, salvo los efectos beneficiosos sobre el colesterol que se deben a las proteinas y no a las isoflavonas.